Theo báo cáo “Nuôi trồng thuỷ sản hữu cơ ở Châu Âu”, tổng sản lượng thuỷ sản hữu cơ năm 2020 ở EU ước đạt 74.032 tấn, tăng 60% so với sản lượng năm 2015 (46.341 tấn). Mặc dù vậy, ngành sản xuất thuỷ sản hữu cơ vẫn chưa bắt kịp được với mức tăng trưởng của toàn ngành nuôi trồng thuỷ sản ở Châu Âu, vì tổng sản lượng nuôi trồng thuỷ sản hữu cơ năm 2020 chỉ chiếm tỉ trọng 6,4% tổng sản lượng thủy sản Châu Âu, trong khi tỷ lệ này là 9,1% năm 2015.
Tổng sản lượng tăng chủ yếu do việc mở rộng nuôi vẹm hữu cơ. Sản lượng vẹm hữu cơ ở Châu Âu đạt 41.936 tấn năm 2020, tương đương 10% tổng sản lượng vẹm Châu Âu, so với 18.379 tấn vào năm 2015. Các nước sản xuất chủ lực là Hà Lan, Italy, Đức, Ireland, Đan Mạch, Pháp, Tây Ban Nha và Bulgaria.
Năm 2020, các công ty nuôi trồng thủy sản hữu cơ Châu Âu đã sản xuất 12.870 tấn cá hồi, 4.590 tấn cá hồi vân, 3.562 tấn cá chép, 3.228 tấn hàu và 2.750 tấn cá chẽm và cá tráp biển hữu cơ. Ngành hàu hữu cơ, chủ yếu ở Pháp, đã tăng đáng kể sản lượng từ năm 2018, khi chỉ 900 tấn hàu được sản xuất tại Châu Âu. Sản xuất rong biển hữu cơ ở Châu Âu chủ yếu là từ tự nhiên, nhưng năm 2020, 586 tấn đã được trồng, tập trung chủ yếu ở Tây Ban Nha. Đan Mạch, Bồ Đào Nha và Bulgaria cũng trồng được số lượng nhỏ. Theo EUMOFA, ngành sản xuất này được kì vọng sẽ tăng trưởng trong những năm tới khi mối quan tâm với sản phẩm này tăng.
Ngành sản xuất cá hồi hữu cơ ở Châu Âu giảm 1% trong năm 2018, do sự sụt giảm của sản lượng sản xuất Ireland và do Brexit. Sản lượng cá hồi hữu cơ giảm 8% vào cùng khoảng thời gian, và sản xuất cá chép hữu cơ sụt giảm 49% giữa năm 2018 và 2020. Sản lượng cá mú và cá tráp đầu vàng Châu Âu tăng từ 2.000 tấn vào năm 2015 lên 2.750 tấn vào 2020, với phần lớn công đoạn chế biến được diễn ra ở Hy Lạp.
Trở ngại trong việc gia tăng sản lượng cá nuôi hữu cơ ở Châu Âu là chi phí gia tăng và khó khăn trong tuân thủ quy định. Với cá hồi hữu cơ, chi phí thức ăn cao hơn, mật độ nuôi thấp hơn so với sản xuất thông thường; thêm vào đó là sự thiếu hụt cá giống được chứng nhận hữu cơ, việc sử dụng thuốc phòng bệnh bị hạn chế và các yêu cầu về phúc lợi động vật cao hơn.
Mặc dù vậy, nhu cầu và nhận thức của người tiêu dùng về các chương trình hữu cơ tại Châu Âu là động lực chính để tiêu thụ tất cả các sản phẩm hữu cơ, với tốc độ tăng trưởng hàng năm là 15%. Báo cáo cho thấy chương trình hữu cơ của riêng Châu Âu được biết đến nhiều hơn so với các chương trình khác, với mức độ nhận biết đạt mức 56% dân số Châu Âu năm 2020.
Rào cản lớn là sự thiếu gắn kết giữa quy định hữu cơ Châu Âu và các yêu cầu quốc gia. Trở ngại khác là việc Chứng nhận hữu cơ EU không cho phép trộn lẫn cá hữu cơ và không hữu cơ trong nuôi ghép quảng canh, ảnh hưởng đặc biệt đến các nhà sản xuất của các quốc gia thành viên ở phía đông Châu Âu. Mối lo ngại khác đối với ngành nuôi thủy sản trên cạn là hệ thống nuôi thủy sản tuần hoàn (RAS) không được phép sử dụng cho mục đích Chứng nhận hữu cơ EU, mà chỉ được phép sử dụng cho các trại ương giống.
Phân tích triển vọng tăng trưởng của nuôi trồng thủy sản hữu cơ Châu Âu cho thấy, đối với động vật thân mềm, sản lượng dao động từ 33.000 tấn đến 120.000 tấn vẹm và hàu tùy thuộc vào chiến lược quốc gia khuyến khích phát triển ngành nuôi trồng thủy sản hữu cơ. Với cá, trường hợp tệ nhất được dự đoán sản lượng tiếp tục thấp, ở khoảng 15.000 tấn nếu rào cản kĩ thuật, chi phí sản xuất cao, và nhu cầu vẫn thấp; viễn cảnh lạc quan được dự đoán là 125.000 tấn sản lượng nếu các rào cản kĩ thuật được dỡ bỏ và đạt được phí bảo hiểm giá.
